Visoki predstavnik u BiH postao je 27. maja 2002. godine, a tu funkciju obavljao je do 30. maja 2006. godine. 

Podržavao je međunarodnu intervenciju u BiH, a ostao je poznat po tome da je smijenio najveći broj zvaničnika - 90, uglavnom iz Republike Srpske. 

Ešdaun je samo u jednom danu u junu 2004. smijenio 59 javnih i partijskih funkcionera, uglavnom članova SDS, od kojih 12 trajno, dok je za 48 "obećao" da će se moći vratiti na javne funkcije kada bude uhapšen Radovan Karadžić. 

Tada su trajno smijenjeni Dragan Kalinić, Pantelija Ćurguz, Nedjeljko Đekanović, Božidar Vučurević, Cvijetin Nikić, Milan Ninković, Duško Kornjača, Milan Tupajić, Rodoljub Đekanović, Zoran Petrić, Mile Pejčić i Savo Krunić. 

Od sedam visokih predstavnika bonska ovlaštenja je najviše koristio Ešdaun koji je nametnuo čak 430 odluka. 

Na suđenju predsjedniku Savezne Republike Jugoslavije Slobodanu Miloševću prikazan je snimak susreta Pedija Ešdauna i pripadnika OVK i albanskih civila u jesen 1998. godine. 

U prvom dijelu snimka, načinjenog 28. septembra 1998. godine, vidi se Ešdaun, koji je tada Kosovo posjetio kao izaslanik britanskog premijera Tonija Blera, kako stoji sa dva uniformisana pripadnika OVK i pregleda automatsku pušku koju su mu dali, skidajući pun okvir sa municijom. 

Milošević je u sudnici tvrdio da je Ešdaun "pregledao oružje terorističke organizacije i davao uputstva kako da ga upotrijebe, da budu oprezni i da ga je poslao Bler". 

Ešdaun je prije nekoliko mjeseci, zajedno sa bivšim visokim predstavnicima Karlom Biltom i Kristijanom Švarc Šilingom uputio pismo visokom predstavniku za spoljne poslove i bezbjednost EU Federiki Mogerini povodom sve češće najave "prekrajanja granica" na Balkanu.