Јован Мићовић се замонашио 30. октобра 1990. године у манастиру Ћелија Пиперска, када је узео име Јоаникије, по преподобном Јоаникију Великом, светитељу из деветог вијека који је, према хришћанском вјеровању, од Бога добио велики дар - чудотворства.
Митрополит Јоаникије, присјећајући се почетка свог духовног пута, испричао је како су његови родитељи прихватили чињеницу да ће се замонашити.
- Мајка је одувијек имала предосјећај да ћу се замонашити. Радовала се кад сам уписао Теолошки факултет и када је видјела да посјећујем светиње, идем у манастир Острог и да познајем доста духовника и свештеника, али је говорила: "Нећеш се ти замонашити, не дао Бог". Кад сам јој, послије дугог размишљања и кад се то више није могло одлагати, саопштио да је све спремно да се замонашим, примила је то са великим, мајчинским узбуђењем. "Сине, ако је то твој избор, нека је благословено и нека ти је срећно", рекла ми је са сузама у очима. Био сам радостан што је тако брзо успјела да савлада себе. Отац ми је исто тако рекао и заплакао. То ми је било јако тешко. Мајка је 100 пута заплакала, али то сам некако могао да поднесем, њој је било лако заплакати. Али кад сам видио да ми је отац заплакао, било ми је веома тешко - причао је више пута митрополит Јоаникије.
