Episkop budimljansko - nikšićki Joanikije rođen je 20. aprila 1959. godine u naselju Velimlje u Banjanima. Gimnaziju je završio u Nikšiću. Diplomirao je na Bogoslovskom fakultetu SPC u Beogradu 1990. godine i apsolvirao filozofiju na Filozofskom fakultetu u Beogradu.
Zamonašio se u manastiru Ćelija Piperska 30. oktobra 1990. godine. Rukopoložen je u čin jerođakona 7. februara 1991. godine, a u čin jeromonaha 17. februara 1991. godine, kada je i postavljen za v. d. nastojatelja manastira Savina. Dana 1. septembra 1992. godine postavljen je za nastojatelja Cetinjskog manastira, nastavnika i glavnog vaspitača u novoobnovljenoj Cetinjskoj bogosloviji. Septembra 1995. godine unapređen je u čin protosinđela i postavljen za v. d. rektora Cetinjske bogoslovije.
Za vikarnog episkopa budimljanskog izabrao ga je Sveti arhijerejski sabor SPC na redovnom zasjedanju maja mjeseca 1999. godine. Hirotonisan je na Cetinju u čin episkopa od strane Patrijarha srpskog gospodina Pavla, uz sasluženje mitropolita Amfilohija i još 12 arhijereja, 3. juna 1999. godine.
Na prijedlog Njegovog visokopreosveštenstva mitropolita crnogorsko-primorskog gospodina Amfilohija, Sveti arhijerejski sabor na svom redovnom zasjedanju maja mjeseca 2000. godine, od dijela Mitropolije crnogorsko-primorske vaspostavio je bivšu Zahumsko-rašku eparhiju, izniklu iz svetosavske Budimljanske i potonje Budimljansko-polimske eparhije.
Član Svetog Arhijerejskog Sinoda SPC bio je u dva mandata: od 2004. do 2006. godine i od 2012. do 2014. godine.
Vlasti u Crnoj Gori uhapsile su uveče 12. maja 2020. godine episkopa Joanikija zajedno sa još sedam sveštenika, što je izazvalo nemire i sukobe protestanata i policije.
Nakon smrti mitropolita Amfilohija postao je administrator Mitropolije crnogorsko-primorske.
