Za razliku od WhatsAppa (koji je takođe dio Meta imperije), koji ima podrazumijevanu end-to-end enkripciju za sve razgovore, U Messengeru korisnik mora posebno da ode u meni i otvori zaseban end-to-end enkriptovani čet.

Korisnici koji to čine će biti zadovoljni zbog nove promjene u servisu, jer više nisu ograničeni samo na razgovore "jedan na jedan". Sada je moguća i end-to-end enkripcija za grupne razgovore i pozive (glasovne i video).

Za poruke koje se same brišu i end-to-end enkriptovane razgovore, korisnik će dobiti i obavještenje kada neko kreira skrinšot. Za ove razgovore su sada dostupni i GIF-ovi i stikeri, kao i reakcije, odgovaranje i indikatori za kucanje.

U okviru enkriptovanih end-to-end razgovora pojavljivaće se bedževi za verifikovane naloge, a korisnik će moći da dugim pritiskom sačuva bilo koji video ili fotografiju koju primi, kao i da obradi video ili fotografiju prije slanja, prenosi B92.