Novac je najviše trošen na naknade članovima komisije ali i saradnicima, kao i na putne troškove, gorivo i sl. Iz dokumenta koji je u posjedu  ATV-a vidljivo je da su u sedam mjeseci 2004-e godine članovi Komisije potrošili više nego što je planirano pa su tražili dodatna sredstva.I to uglavnom za plate.

U Finansijskom izvještaju koji je sačinio tadašnji Sekretarijat za odnose sa Međunarodnim krivičnim sudom u Hagu i istraživanje ratnih zločina jasno piše da je u sedam mjeseci 2004. godine Komisija za Srebrenicu potrošila više od 184 hiljade maraka pa su zahtijevana dodatna sredstva kako bi nastavila rad.

Ta Komisija u svom radu sačinila je spisak samo bošnjačkih žrtava.Da je puno novca odlazilo na naknade članovima Komisije, vidljivo je iz drugog dokumenta koji je u posjedu  ATV-a. Ta naknada nije bila mala. Te 2004-e godine, Vlada je članovima Komisije isplaćivala po 1800 maraka mjesečno.Osim članova iz RS, u toj su se Komisiji nalazili Smail Čekić i Gordon Bejkon koji su imenovani po naredbi Visokog predstavnika. Nikola Špirić, tada predsjedavajući Predstavničkog doma Parlamentarne skupštine BiH, osporavao je sastav Komisije tvrdeći da neće moći dobro odraditi posao.Posao je u svakom slučaju urađen i to na teret RS skoro 15 godina.

Činejnica je da su glavnu riječ u Komisiji vodili Smail Čakić iz Instituta za istraživanje zločina   i Gordon Bejkon iz Međunarodne komisije za nestale, za 1800 maraka mjesečno.I njih je, kao i ostale članove plaćala Vlada RS.